O CT-e de Substituição serve somente para ALTERAR VALORES. SEJA PARA MAIS OU PARA MENOS!
Mas antes de começar a emitir este tipo de documento eletrônico, você deverá ter emitido o CT-e de Anulação.
O CT-e de Anulação é uma obrigatoriedade da SEFAZ e tem como finalidade o tomador de serviço, se for contribuinte de ICMS, estar ciente que da sua intenção de fazer uma substiuição.
A regra para emissão do CT-e de anulação é que você deverá preencher o Remetente, Destinatário, Tomador de Serviço, Início e Término da Prestação, os impostos, Valor Total do Serviço, Valor a Receber, ou seja, com as informações absolutamente iguais ao CT-e original que foi feito incorretamente, não podendo ser alterado alguma informação.
"Este documento substitui o CT-e nº___, da data __/__/_____ em virtude de .... (descrever o erro, se o valor estava a mais ou a menos)"